组合贷款缺点如下：

办理组合贷款，等于要办理一次公积金贷款和一次商贷。申请者需要准备的材料较多，手续繁琐。而且从操作流程看，贷款时间过长。此外，组合贷比纯公积金贷款或商业贷款的手续费多。不得不说的是，借款人申请组合贷款后，商业贷款的部分会在央行个人征信系统中留档，假设购房者想再次买房，将算作二套房。

组合贷款公积金部分怎么扣款

组合公积金指公积金贷款和商贷混合的一种贷款方式，其还款也是分开的。即贷款人分别有一个公积金账户以及商贷账户。公积金贷款从用户公积金账户扣款，可选择年冲还款，也可选择月冲还款，均为系统自动扣款。如果公积金账户余额不足，需要将差额提前充入还贷银行卡中。商贷则是银行每个月的还款日从用户绑定的银行卡扣款，因此借款人必须保证两个账户的余充足。

通常状况下，公积金贷款还款方式自由，商业贷款需要用银行认可的还款方式。借款人还这两部分贷款时向银行提供两个还款账户，不提前还款的状况下，这两部分的还款顺序不会有先后之分。